Het landelijke Booitshoeke, waarvan de vroegste vermelding teruggaat tot 1135, stond net als vele andere parochies in de regio onder patronaatschap van de Veurnse Sint-Niklaasabdij. Wanneer het gotische dorpskerkje werd opgetrokken is niet bekend. IN 1690 werd het schip verbreed, werd een transept toegevoegd en werd de ingestorte toren volledig herbouwd. Hierdoor ontstond een eenbeukige kruiskerk met een breed schip, een vijfzijdig afgesloten koor en een westtoren. Een gevelsteen met het jaartal 1690, ingemetseld in de zuidelijke transeptgevel, herinnert nog aan deze bouwfase. IN 1735 werd tenslotte nog een portaal toegevoegd. De parochie Booitshoeke werd in 1808 bij keizerlijk decreet samengevoegd met Avekapelle en de Sint-Audomaruskerk werd voor de eredienst gesloten. Het gebouw raakte in verval.
De priesters Cornille en Nijsen, beiden aangesteld in Avekapelle, bepleitten de heroprichting van de parochie Booitshoeke, wat in 1857 uiteindelijk gebeurde.
Ondertussen had provinciaal architect Pierre Buyck in 1846 al plannen opgemaakt voor de nodige herstellingswerken aan de Sint-Audomaruskerk, maar het blijft onduidelijk wanneer die uitgevoerd werden.
De inslag van een granaat richtte tijdens de Eerste Wereldoorlog heel wat schade aan. De nodige herstellingswerken werden in 1923 uitgevoerd onder leiding van de Gentse architect Jan De Bondt. De toren werd in 1978 hersteld, gevolgd door een restauratie van schip, transept en koor in 1982-1983. Het omliggende, voormalige kerkhof, werd als dorpsgezicht beschermd.
Bron: Monumentaal West-Vlaanderen door Jeroen Cornilly