De huidige neogotische kerk, met haar spitse toren, is gebouwd in 1881. De plannen waren van de bekende architect E. De Perre-Montigny. Boven het neogotische altaar uit 1898 bevindt zich een retabel dat de marteldood voorstelt van de Heilige Margaretha, patroonheilige van deze kerk. Het zijaltaar voor Onze-Lieve-Vrouw is van het atelier van Mathias Zens. Historisch is deze kerk de vijfde kerk van Sint-Margriete. De vorige kerkgebouwen, op verschillende locaties, werden steeds verwoest door overstromingen.