Na de religieuze onlusten van de 16de eeuw moest de Onze-Lieve-Vrouwekerk tijdens de vroege 17de eeuw vermoedelijk volledig herbouwd worden. De toren stortte in 1690 in en richtte heel wat schade aan. Diverse herstellingswerken, uiitgevoerd tijdens de 18de en 19de eeuwkonden het verdere verval van de laatgotische kerk niet verhinderen. Een plan uit 1857 voor een volledige nieuwbouw en een ontwerp van Pierre Buyck uit 1871 voor de uitbreiding en restauratie van de bestaande kerk werden nooit uitgevoerd. Uiteindelijk werd toch geopteerd voor een nieuwbouw in neogotische stijl, ontworpen door de Brugse architect Antoine Verbeke. De werken aan de driebeukige kruiskerk met voorgeplaatste westtoren konden starten in 1877 en waren in 1879 voltooid. De kerk werd volledig in baksteen opgetrokken, met gebruik van natuursteen voor de raamtraceringen, de druiplijsten en de balustrades.
Het interieur was oorspronkelijk kleurig afgewerkt met sjabloonschilderingen. Rond de kerk werd een kerkhof aangelegd, afgesloten met een ijzeren hek. De voor het kleinde dorp, Leffinge erg monumentaal en ruim opgevatte kerk kreeg al snel de bijnaam 'kathedraal van het noorden'. De glasramen werden vernield tijdens de Eerste Wereldoorlog en ook de toren liep schade op. Stabiliteitsproblemen, die al vrij kort na de bouw opdoken, leidden in 1969 zelfs tot het idee om de kerk volledig te slopen. Uiteindelijk werd in 1983 gestart met een volledige restauratie, maar omdat de werken dermate traag vorderden, moest de kerk in 1995 voor het publiek gesloten worden. Het kerkhof werd in 1957 ontruimd en de graven werden overgebracht naar de voormalige Duitse begraafplaats in de Leffingestraat. Het voormalig kerkhof werd als landschap beschermd.

Bron: Monumentaal West-Vlaanderen van Jeroen Cornilly